Meskipun kanji ialah aksara Cina (hanzi) yang digunakan dalam penulisan bahasa Jepun, terdapat juga kelainan ketara antara kanji dan hanzi, termasuk kegunaan aksara yang direka di Jepun, aksara yang diberi maksud berlainan dalam bahasa Jepun, dan pemudahan kanji selepas Perang Dunia II.

Kokuji

Kokuji (国字; "aksara negara") ialah aksara-aksara yang digunakan khususnya di Jepun. Kokuji juga bergelar wasei kanji (和製漢字, iaitu "aksara Cina buatan Jepun"). Terdapat beratus-ratus kokuji, kebanyakannya jarang dipakai, tetapi sebilangannya menjadi bahagian penting dalam penulisan bahasa Jepun. Kokuji ini termasuk:

• 峠 (とうげ tōge "genting")
• 榊 (さかき sakaki "pokok sakaki, genus Cleyera")
• 畑 (はたけ hatake "sawah", "ladang pertanian")
• 辻 (つじ tsuji "persimpangan")
• 働 (どう dō, hatara(ku) "bekerja")

sesetengah kokuji seperti "働" telah diperkenalkan ke China.

Kokkun

Selain kokuji, terdapat kanji yang diberi maksud dalam bahasa Jepun yang berlainan daripada maksud bahasa Cinanya. Kanji-kanji sedemikaian bukanlah kokuji, sebaliknya bergelar kokkun (国訓). Contoh:

• 沖 oki ("pesisir"; bahasa Cina: chōng "membilas")
• 椿 tsubaki ("Camellia japonica"; bahasa Cina: chūn "Ailanthus")

Aksara lama dan baru

Ada kalanya sesuatu kanji yang sama boleh ditulis dalam dua bentuk berlainan, iaitu Kyūjitai (旧字体/舊字體, "gaya aksara lama") dan Shinjitai (新字体, "gaya aksara baru"). Berikut merupakan contoh-contoh aksara Kyūjitai bersama bentuk Shinjitai masing-masing:

• 國 国 kuni, koku ("negara")
• 號 号 gō ("nombor")
• 變 変 hen, ka(waru) ("berubah")

Kebanyakan aksara Cina langsung tidak diserap dalam bahasa Jepun. Namun begitu, secara teori, mana-mana aksara Cina boleh dijadikan aksara Jepun—Daikanwa Jiten, salah sebuah kamus kanji terbesar pernah dikompilasi, mengandungi kira-kira 50,000 masukan, itupun kebanyakannya tidak pernah digunakan dalam bahasa Jepun.